Presso il Laboratorio di Bioinformatica del Dr. Gerardo Pepe sono disponibili 2 posizioni per lo svolgimento della tesi di laurea magistrale.
Entrambi i progetti sono di natura computazionale e si basano sull’analisi di dati di RNA-seq in bulk e single-cell provenienti da coorti pubbliche di pazienti oncologici. È richiesta una conoscenza di base della programmazione; gli studenti dovranno inoltre avere non più di 3 esami da sostenere.
1. Progetto 1 – Stati trascrizionali di tolleranza al farmaco: origine clonale e valore prognostico. Molti pazienti vanno incontro a progressione dopo terapia a bersaglio molecolare senza che il sequenziamento clinico identifichi alcuna mutazione di resistenza: a sostenere la sopravvivenza delle cellule tumorali sono stati trascrizionali reversibili, invisibili all’analisi mutazionale ma leggibili nel trascrittoma. Su coorti di tumore del polmone e della prostata verrà costruito uno score trascrizionale di resistenza da dati bulk, valutandone il valore prognostico al netto dei principali confondenti. L’analisi di dati single-cell di pazienti campionati prima e durante la terapia permetterà poi di stabilire se tali stati siano selezionati fra sottocloni preesistenti o indotti dal trattamento.
2. Progetto 2 – Caratterizzazione del microbioma intratumorale mediante metatrascrittomica. Nelle analisi di RNA-seq le reads che non allineano sul genoma umano vengono abitualmente scartate come rumore, ma contengono trascritti microbici che descrivono le comunità metabolicamente attive nel tessuto. Applicando questo approccio a dataset trascrittomici tumorali pubblici, il progetto mira a identificare i taxa associati in modo riproducibile al tessuto neoplastico e a correlarne i profili con l’attività delle vie infiammatorie e metaboliche dell’ospite.
Gli studenti interessati possono contattare il Dr. Gerardo Pepe (gerardo.pepe@uniroma2.it) per un colloquio conoscitivo.